Tra gli integratori, la melatonina è una scelta divenuta molto popolare per combattere i disturbi del sonno. Tuttavia, come nel caso di altri farmaci e integratori, non sempre è possibile o consigliabile assumere melatonina.
Le donne in gravidanza e quelle che allattano, per esempio, non dovrebbero, salva diversa prescrizione medica, assumere integratori a base di tale sostanza. Attualmente, infatti, le indicazioni sul suo utilizzo nelle donne in stato interessante e nelle puerpere sono molto contraddittorie; in mancanza di certezze, quindi, è opportuno astenersi dalla sua assunzione.
Viene altresì sconsigliata l’assunzione da parte dei soggetti in età pediatrica se non dietro prescrizione medica.

La melatonina è una sostanza prodotta prevalentemente dall’epifisi (anche ghiandola pineale)
La melatonina non dovrebbe essere assunta da coloro che assumono farmaci antipertensivi (per esempio la nifedipina) perché si ritiene che tale ormone possa causare rialzi pressori. È sconsigliata anche a coloro affetti da diabete mellito perché può determinare un rialzo dei livelli di glicemia.
La melatonina può interagire con diversi farmaci potenziandone o inibendone gli effetti; prima di assumerla è quindi decisamente consigliabile consultare il proprio medico curante; tra i farmaci e le sostanze che interagiscono con la melatonina ricordiamo: sonniferi (si possono registrare eccessiva sonnolenza e forti capogiri), caffeina (diminuisce l’efficacia della melatonina), fluvoxamina (la melatonina ne potenzia gli effetti), antidiabetici (la melatonina ne riduce l’efficacia), immunosoppressori (la melatonina ne potenzia l’efficacia), anticoagulanti e antiaggreganti piastrinici (la melatonina ne potenzia l’azione e conseguentemente aumentano i rischi di sanguinamenti) e verapamil (diminuisce l’efficacia della melatonina).
Viene consigliata una certa cautela anche a coloro che assumono flumazenil e rimedi erboristici quali aglio, angelica, calamo, chiodi di garofano, corniolo, danshen, erba gatta, ginkgo biloba, ginseng, kava, iperico, luppolo, papavero, salice, scutellaria, trifoglio rosso, valeriana e yerba mansa.